Zgodnie z ustawą z dnia 10 lutego 2017 roku o Krajowym Ośrodku Wsparcia Rolnictwa (Dz.U. 2017 poz. 623), KOWR prowadzi samodzielną gospodarkę finansową. Działa zgodnie z planem finansowym obejmującym rok obrotowy pokrywający się z rokiem kalendarzowym. Projekt rocznego planu finansowego KOWR, zatwierdza minister właściwy do spraw rozwoju wsi i przekazuje ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych w trybie określonym w przepisach dotyczących prac nad projektem ustawy budżetowej.
KOWR prowadzi rachunkowość na zasadach określonych w przepisach o rachunkowości, z uwzględnieniem przepisów ustawy o Krajowym Ośrodku Wsparcia Rolnictwa (Dz.U. 2017 poz. 623).
W zakresie gospodarki finansowej KOWR są: