W Krajowym Ośrodku Wsparcia Rolnictwa wyodrębnia się następujące jednostki organizacyjne:
1. biuro KOWR – „Centrala” (ul. Karolkowa 30, 01-207 Warszawa)
W biurze Krajowego Ośrodka wydziela się piony:
2. oddziały terenowe KOWR, działające w każdym województwie, z tym, że w województwie zachodnio-pomorskim wyodrębnia się dwa oddziały terenowe
Siedzibami oddziałów terenowych Krajowego Ośrodka są: